O exantema de mãos pés e boca ou erupção cutânea geralmente é resolvida em uma semana. Apenas alguns casos causados ​​por enterovírus 71 são complicados por encefalite ou pneumonia. Às vezes, o coxsackie A16 está associado a lesões cutâneas recorrentes e crônicas.

As complicações são raras e geralmente cutâneas: queda de unhas, descamação dos dedos, palmas das mãos ou solas das mãos e pés, ou coxsackium do eczema, que é uma forma mais grave de doença em crianças que já têm pele danificada pela dermatite atópica. Pode haver superinfecção por bactérias da pele. Casos de miosite (inflamação muscular) com elevação de enzimas musculares (CPK) têm sido descritos nas epidemias.

A previsão da doença mãos pés e boca é bom na grande maioria das vezes, exceto nas formas complicadas pelo enterovírus 71, que pode progredir com edema pulmonar ou complicações de encefalite: coma, convulsões, dificuldades na marcha, tremor, sequelas neurológicas de longa duração ou até a morte.

A taxa de mortalidade em uma epidemia em Taiwan que afetou 20% das crianças em 1998 foi inferior a 1 em cada 1000 pacientes.

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